工资的扣除主要涉及个人所得税的预扣预缴和扣除项目。以下是详细的扣税方法和依据：
个人所得税预扣预缴
累计预扣法：扣缴义务人在一个纳税年度内预扣预缴税款时，以纳税人在本单位截至当前月份工资、薪金所得累计收入减除累计免税收入、累计减除费用、累计专项扣除、累计专项附加扣除和累计依法确定的其他扣除后的余额为累计预扣预缴应纳税所得额，适用个人所得税预扣率表，计算累计应预扣预缴税额，再减除累计减免税额和累计已预扣预缴税额，其余额为本期应预扣预缴税额。
起征点：工资薪金所得的起征点为5000元/月，即每月收入在5000元以下的部分免征个人所得税。
专项扣除
三险一金：包括基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和住房公积金。
专项附加扣除：包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等。
其他扣除：依法确定的其他扣除项目。
税率和速算扣除数
个人所得税税率：采用超额累进税率，具体税率和速算扣除数根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例确定。
其他扣款情形
旷工扣工资：公司可以依据内部管理制度，按旷工天数乘以员工日工资计算并扣除旷工罚款。
经济损失赔偿：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%。
最低工资标准：若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
结论
工资的扣除包括个人所得税的预扣预缴和扣除项目，具体扣除方法依据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例和相关规定。用人单位在发放工资前需代扣代缴个人所得税，并在规定时间内向主管税务机关申报缴纳。同时，用人单位也可根据内部管理制度对旷工等行为进行扣款。
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