用地协议应当与 县级以上人民政府自然资源主管部门或土地行政主管部门签订。
具体来说：
1. 对于国有建设用地的使用申请，建设单位应当向有批准权的县级以上人民政府自然资源主管部门提出建设用地申请。
2. 征地协议是由具有批准权的县级以上人民政府土地行政主管部门负责签订。
3. 拆迁安置补偿协议则应当与当地的拆迁部门进行签订，该部门可以是当地的建委、房产管理部门或专门成立的行政机关。
因此，根据具体的使用土地类型和具体情况，可以选择相应的部门进行用地协议的签订。
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