员工丢失发票后，应按照以下步骤进行赔偿：
确认责任
公司需要确切的证据证明发票遗失是由员工造成的，才能要求员工赔偿。
如果公司没有充分的证据证明发票遗失是由员工造成的，则不应由员工赔偿。
报告发票丢失
员工在发现发票丢失后，应立即向公司报告，并按照公司的规定进行处理。
公司需要向税务机构报告发票丢失，并进行作废原发票和重新开具发票的手续。
补办发票
公司可以向税务机构申请补办发票，但需要支付罚款。
购买方可以凭销售方提供的专用发票记账联复印件和销售方所在地主管税务机构出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机构审核同意后，作为增值税进项税额的抵扣凭证。
赔偿实际损失
员工应按照公司的实际损失进行赔偿，可以先与公司协商赔偿金额和方式。
赔偿方式可以包括现金赔偿或通过其他形式进行补偿。
签订赔偿协议
在协商一致后，公司应与员工签订赔偿协议，明确赔偿金额和方式。
公司需要监督员工按照赔偿协议进行赔偿，确保赔偿金额和方式的合理性和有效性。
遵守法律规定
在处理发票丢失的过程中，公司和个人都需要遵守《发票管理法》等相关法律法规。
建议：
公司在处理发票丢失时，应尽快与税务机构和员工沟通，确保按照相关规定进行补办和赔偿。
员工在丢失发票后，应积极配合公司完成相关手续，并承担相应的赔偿责任。
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